1．根系生长
花椒在地面根颈以下部分总称为根系。根系由主根、侧根和须根组成。主根是由种子的胚根发育而成，但常因苗木移栽时被切断而并不发达，其长度只有20-40厘米。侧根是主根上分生出的3-5条粗壮而呈水平延伸的一级根，随着树龄的增加，不断加粗生长，且向四周延伸，同时分生小侧根，形成强大的根系骨架。须根是主根和侧根上发出的细而多次分生的细短网状根，粗度多在0.5-1.0毫米。从须根上生长出大量细短的吸收根，是花椒吸收水肥的主要部位。

花椒为浅根性树种，根系垂直分布较浅，而水平分布范围很广。盛果期树，根系最深分布在1. 5米左右，较粗的侧根多分布在40-60厘米的土层中，较细的须根集中分布在10-40厘米的土层中，也是吸收根的主要分布层。根系水平扩展范围可达15米以上，约为树冠直径的5倍左右，而须根及吸收根集中分布在树干距树冠投影外缘0.5-1.5倍的范围内。从花椒根系分布特征看，须根和吸收根虽水平分布范围较广，但垂直分布较浅，所以，在干旱少雨年份，花椒往往首先表现出受旱。

花椒根系在一年中的生长变化因品种、树龄及环境条件的不同而异，但同一品种在同一地区，其根系生长强弱随上壤温度和树体营养的变化而变化。通常，根系开始生长活动早于地下部分，当春季10厘米深处地温达到5℃时开始生长，直至落叶出现3次生长高峰：第一次生长高峰出现在萌芽前后，以后随着地上部新梢的生长和开花结果，根系得到的营养物质也随之减少，其生长也逐渐转缓；第二次生长高峰出现在5月中旬至6月中旬，此时新梢生长减缓，绝大部分叶片已进人成叶阶段，光合功能增强，树体营养物质增多，加之土壤温度升高，根系生长进人一年中最旺盛的时期，生根数量大，生长速度快；第三次生长高峰出现在果实采收后的9月下旬至10月下旬，此时，果实已采收，秋梢停长，树体营养消耗减少，积累增加，根生长加快，以后随土壤温度的下降，根系生长越来越缓慢，并逐渐停止生长。

花椒根系的趋温性与趋氧性，与其他树种相比更为明显，特别是大红袍在土壤疏松的坡地、石质山地的冲积扇和石头垒边的地埂上生长旺盛，而在雨季集流过水地带或进水口处，常因短时积水，造成根系供氧不足和地温下降而突然死亡

2.枝芽生长
芽及其生长花椒的芽有叶芽和花芽之分
升芽根据发育状况、着生部位和活动性可分为营养芽和潜伏芽两种。营养芽发育较好，芽体饱满，着生在发育枝和徒长枝的中上部，翌年春季可萌发形成枝条。潜伏芽（又叫隐芽、休眠芽），发育较差，芽体瘦小，着生在发育枝、徒长枝、结果枝的下部，多不萌发，并随枝条的生长被夹埋在树皮内，呈潜伏状态，潜伏寿命很长，可达几十年，只有当受到修剪刺激或进人衰老期后，可萌发形成较强壮的徒长枝。

花芽，芽体饱满，呈圆形，着生在一年生枝（结果母枝）的中上部。花芽实质上是一个混合芽，芽体内既有花器的原始体，又有雏梢的原始体，春季萌发后，先抽生一段新梢（也叫结果枝），然后在新梢顶端抽生花序，开花结果。花椒树到盛果期很容易形成花芽，一般在生长健壮的结果枝、发育枝和中庸偏弱的徒长枝的中上部均可形成花芽。

枝叶及其生长花椒的枝条按其特性可分为发育枝、徒长枝、结果母枝和结果枝四类
发育枝，是由营养芽萌发而来。当年生长旺盛，其上形不成花芽，落叶后为一年生发育枝；当年生长中庸健壮，其上可形成花芽，落叶后转化为结果母枝。发育枝是扩大树冠和形成结果枝的基础，也是树体营养物质合成的主要场所。发育枝有长、中、短枝之分，长度在30厘米以上为长发育枝，15-30厘米的为中发育枝,15厘米以下的为短发育枝。定植后到初果期，发育枝多为长、中枝；进人盛果期后，发育枝数量较少，且多为短枝，也很容易转化为结果母枝。